在一项新的研究中，来自美国加州大学伯克利分校的研究人员指出能够在宏基因组学技术的帮助下对土壤---最好的抗生素来源---进行更加充分地挖掘以便发现新的药物和其他有用的化学物。他们报道对一勺土壤中的每一种微生物的基因组进行测序，即所谓的宏基因组测序，并从中发现数百个用于产生复杂的潜在有用的分子的基因。鉴于土壤中的绝大多数微生物不能够在培养皿中进行培养，采用其他的技术是很难发现这些分子的。这些基因中的多数来自之前未知的细菌群体。这些基因可能会产生这些微生物用来进行自我防御的抗生素或抗真菌剂。这些产生的抗生素或抗真菌剂也可能用于抵抗人体中的细菌或真菌感染。相关研究结果于2018年6月13日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“Novel soil bacteria possessdiverse genes for secondary metabolite biosynthesis”。

寻找新的抗生素已成为当务之急，这是因为致病细菌对当前药物的耐药性日益增加，而新型抗生素药物的开发速度已逐渐放慢脚步。据美国疾病控制与预防中心（CDC）估计，在美国，每年至少有200万人感染了抗生素耐药菌并且至少有2.3万人因这些感染直接死亡。

在这项研究中，从在美国加州北部的一处草地下4至16英寸深处获得的60个不同的样品（每个样品的重量为10克）中，这些研究人员能够组装出大约1000种不同微生物（细菌和古细菌）的基因组。他们如今将其中的360种微生物作为新鉴定出的能够产生复杂分子的细菌物种加以报道，而且许多复杂分子类似于已知的抗生素。

这些研究人员说，这是迄今为止最为复杂的通过宏基因组学技术进行测序和组装的微生物群落。据推测富含腐殖质的土壤含有成千上万种不同的微生物，它们中的大多数具有较低的数量。他们能够组装的这1000种微生物基因组在数量上相差很大：对其中的少数微生物基因组而言，每种微生物都代表土壤中大约1％的微生物物种，但是大多数微生物的数量比前者要少数百到数千倍。