近20年来水产养殖业迅速发展，工厂化高密度养殖规模日益扩大，导致养殖生态环境遭到破坏，使病害频繁发生。在水产养殖中，主要通过广谱抗生素药物来控制病害的发生，而过度使用不仅使致病菌耐药性增加，破坏和干扰养殖环境正常微生物区系的生态平衡，增加养殖对象感染的机会，产生二重感染，还使抗生素在生物体内残留，人类长期摄入含有残留抗生素的食品，可导致慢性中毒等，对人体产生危害。由于微生态制剂无毒副作用、无残留、不产生抗药性，能有效改善水产养殖环境，维持微生态平衡，近年来人们开始尝试使用微生态制剂来改善养殖生态环境，提高养殖动物的免疫力，抑制病原微生物，从而减少疾病的发生。

    从20世纪70年代微生态制剂广泛受到人们的重视后，对其定义有了很多的看法。1974年，Parker等首次将其定义为有助于肠道菌群平衡的微生物和物质。在水产养殖中有益菌既作为饲料添加剂来调节养殖动物肠道微生态平衡，又可加入水体起调控养殖微生态的作用，此外可以用来改善养殖水体的水质条件。于是，Moriarty将有益菌的定义扩展为“用于处理养殖池的微生物水体添加剂”。1990年我国微生态学会学术研讨会会议纪要中正式提出“微生态制剂”一词。

    根据用途及作用机制可分为微生态治疗剂、微生态饲料添加剂、微生态助长剂等；根据菌种的多少可分为单一菌种剂、复合菌种剂；根据微生物的种类又可分为芽孢杆菌制剂、乳酸杆菌制剂、酵母类制剂、复合微生态制剂、双歧杆菌制剂及拟杆菌制剂等；而根据微生态制剂的物质组成可分为益生菌、益生元和合生元。目前微生物制剂中常用的微生物菌群有光合细菌、硝化细菌、反硝化细菌、酵母菌、芽孢杆菌。

    我国微生态制剂在水产养殖业中的应用始于20世纪80年代初，最早应用于水产养殖业的微生态制剂是光合细菌，主要用于调节水质，同时在光合细菌的培养扩增技术、干法和湿法保存技术及应用效果方面做了大量工作；其后，微生态制剂的研究和开发领域在水产养殖中广泛受到关注，到目前为止已有乳杆菌属、双歧杆菌属、弧菌属、假单孢菌属、芽孢杆菌属的众多种类及硝化细菌、光合细菌等应用于水产养殖业。

    许多微生态制剂其菌体本身就含有大量的营养物质，并在其生长代谢过程中产生各种有机酸、合成多种维生素等营养物质。如PSB富含蛋白质，多种维生素、钙、磷和多种微量元素等，同时随着它们在动物消化道内的繁殖、代谢，可产生动物生长所必需的营养物质，如氨基酸、维生素等；产生生长素之类的生理活性物质，有助于食物的消化吸收；某些芽孢杆菌，可以产生较强活性的淀粉酶、脂肪酶和蛋白酶等消化酶类，协助动物消化饵料；能有效提高干扰素和巨噬细胞的活I生，激发机体免疫功能，增强机体免疫力和抗病力。

    具有拮抗特性的微生物制剂可以通过营养竞争、附着位点竞争或分泌抗生素、细菌素等毒素杀死或抑制病原微生物，为养殖动物营造好的生存环境。如乳酸菌可产生乳酸，抑制肠道中的腐败细菌的繁殖，减少肠道中毒素、尿素酶的含量并抑制腐败细菌产生胺、吲哚、硫化氢等致癌物质和其他毒性物质。

    水质恶化是影响水产养殖生物存活率和产量的主要障碍，养殖动物在生长过程中的代谢物、有机分解物及水中其它有害物质，对养殖动物有毒害作用。微生态制剂能发挥氧化、氨化、硝化、反硝化、解硫、硫化、固氮等作用，将动物的排泄物、残存饵料、浮游生物残体、化学药物等迅速分解为二氧化碳、硝酸盐、磷酸盐、硫酸盐等，为单胞藻类生长繁殖提供营养，而单胞藻类的光合作用又为有机物的氧化分解及养殖生物的呼吸提供了溶解氧，构成一个良性的生态循环，维持和营造了优良水域环境。